Ende der 1950er Jahre arbeitet Hans-Joachim Schuke intensiv mit Albert Schweitzer am Konzept der neuen Bach-Orgel in der Divi-Blasii-Kirche in Mühlhausen zusammen. Diese Orgel gehört zu den wenigen weltweit, die nach der eigens von Bach angefertigten Disposition erbaut wurden. Das Orgelwerk wird gegenüber der Disposition um fünf Register ergänzt, um auch moderne Orgelliteratur spielen zu können. Die neue Orgel wird am 24. Mai 1959 eingeweiht.
