Die Orgel in der Stephanuskirche Wittingen wurde 1738 von Johann Hinrich Gloger ursprünglich für die Göttinger Universitätskirche erbaut. Im frühen 19. Jahrhundert wurde sie in die Wittinger Kirche versetzt.
1995 wurde die mehrfach umgebaute Orgel mit dem noch historischen Prospekt von der Firma Alexander Schuke aus Potsdam rekonstruiert und mit samt einer neuen Orgelempore am heutigen Standort gegenüber dem Altar wiederaufgestellt.
Sie besitzt jetzt wieder 24 Register auf 2 Manualen und Pedal mit mechanischer Ton- und Registertraktur.
Die musikalische Temperatur wurde nach Neidhardt II gelegt.